A finales del siglo XVIII se hace evidente que las sustancias aisladas de seres vivos tienen un comportamiento peculiar (se descomponen fácilmente, son mezclas complejas, etc.) que las diferencian de las obtenidas de sistemas minerales, que son mucho más simples.
Lavoisier establece el axioma de que sólo sustancias puras darán información relevante al desarrollo de la química.
Se perfeccionan a finales del XVIII métodos de separación y purificación (extracción y destilación).
El mundo animal y el vegetal quedan relacionados químicamente al aislar Scheele el ácido láctico a partir de leche agria y de materiales vegetales.
Lavoisier determina que los compuestos conocidos que se habían extraído de vegetales sólo contenían carbono, oxígeno e hidrógeno. Los de origen animal también contenían nitrógeno a veces.
Dalton desarrolla su teoría atómica: un compuesto formado por varios elementos ha de tener la fórmula más simple posible (agua = OH); crece la dificultad para entender cómo se podían conseguir tal vasto número de compuestos orgánicos a partir de tan pocos elementos químicos.